北部湾大学档案馆（校史馆）成立于2019年6月，其前身为1991年12月成立的校办综合档案室。档案馆（校史馆）内设档案管理科、校史年鉴科，现有职工6人，其中正高职称1人，副高职称1人。全校各职能部门和二级学院兼职档案工作人员50人。档案馆（校史馆）管理学校综合档案、人事档案、学生档案，负责编撰学校年鉴、校史等工作，兼管北部湾海洋文化博物馆。

 北部湾大学档案馆办公室及档案库房面积约700平方米，位于学校行政办公楼四楼北面用房。档案库房包括综合档案库房、会计库房、实物库房，人事档案库房，库房内配备密集架、消毒机、防磁柜、空调、去湿机、全天候视频监控系统、手持式干粉灭火器等设备。档案办公室分为档案服务办公室、档案利用室、档案整理室，配复印机、数码相机、扫描仪、光刻机、计算机、服务器等现代办公设备。综合档案有钦州民族师范（1944—2005）、钦州学院（1972—现在）2个全宗，馆藏约13万件（卷），共有党群、行政、教学、科研、基建、设备、外事、出版、财会、声像、实物等11个门类档案。人事档案馆藏1200多卷。档案馆年度接待量约2000人次。

 2009年至今，北部湾大学综合档案归档文件在参加自治区高校文件归档质量检查评比活动中获优秀荣誉。